Tras 16 años como futbolista profesional, Fernando Arce anunció su retiro en conferencia de prensa que se llevó a cabo en Tijuana, Baja California.
El último club de Arce fue Dorados de Sinaloa, que terminó descendiendo. Durante su carrera, Fernando jugó en ocho equipos en primera división, consiguiendo dos trofeos de Liga: Santos (2008) y Xolos (2012).
También militó en la selección mexicana en distintas etapas, aunque no asistió a ningún Mundial, pero disputó Copa América, Copa Oro y jugó en dos eliminatorias mundialistas.